本发明涉及一种灵活配置硬盘的伺服器系统及其硬盘指示灯控制装置，装置于一伺服器上，用以连接至少一个主机板。硬盘指示灯控制装置包括M个硬盘指示灯、N个主机板插槽与一侦测控制单元，M与N为大于1的整数。侦测控制单元依据主机板侦测信号来取得主机板的数量P，将这些硬盘指示灯分为P群，并且依据第j个主机板的通用序列信号来控制第j群硬盘指示灯，其中P为正整数，j为整数且1≤j≤P。本装置将不同数量的主机板灵活地对应到全部的硬盘指示灯，以利用每个主机板的通用序列信号来控制相对应的硬盘指示灯。