本发明提供了水稻抗褐飞虱主效基因bph7的分子标记及其应用。通过将水稻抗虫品种T12（♂）与感虫品种9311（♀）杂交获得的F2各单株的基因型，同时结合F2:3各家系的抗褐飞虱的抗性级别进行遗传连锁分析，获得抗虫品种T12抗性基因bph7并定位于分子标记RM3448和RM313之间。与该基因连锁的分子标记还有RM28295、RM519、RM28305和RM28374。本发明中的分子标记可以有效检测抗虫品种T12及其衍生品种（系）中是否含有该主效基因位点，大大提高抗褐飞虱水稻的选择效率，获得含有bph7基因的抗褐飞虱水稻品种。