本发明提供一种基带频率偏移纠正方法及系统。其中，该方法包括步骤：检测输入信号频谱的中心点相对零频的偏移，输出估计完成指示信号，并于检测完成之前输出为0的频偏，检测完成之后输出恒定值的频偏；将固定搬移频率与频偏相加得到目标频率，将输入数字信号的频谱搬移到该目标频率获得准基带信号；根据估计完成指示信号控制低通滤波系数在大带宽系数与小带宽系数之间切换选择，对准基带信号进行低通滤波处理，得到低通信号；对低通信号进行小频率偏差纠正处理，得到基带信号。本发明通过对准基带数据进行大频偏纠正与小频偏纠正，最终将数据的中心频率搬移到零频，具有便捷快速、检测精度高的优点。