一种快速筛选嗜热厌氧产乙醇微生物高产乙醇菌株的方法，主要步骤如下：1)将野生型菌株在含有乙醇的液体培养基中连续培养，定向进化嗜热厌氧产乙醇微生物的乙醇耐受性；2)对耐受乙醇的菌株进行甲基磺酸乙酯诱变，将诱变后的菌液涂布到含有乙醇的固体培养基上；3)待形成单菌落后，选择菌落半径大的单菌落滴加2，3，5-三苯基氯化四氮唑显色液，取显色颜色深的单斑到含有高底物浓度的CaCO3复筛平板上进行复筛；4)选择菌落半径大但透明圈半径小的菌落，滴加pH指示剂排除假阳性；5)发酵后用气相色谱或乙醇定量试剂盒测定乙醇浓度，选择乙醇产量高的菌株在非选择条件下培养至少20代，仍能保持高乙醇产量的菌株即为目的菌株。