本发明提供一种双轴燃气-蒸汽联合循环机组控制方法及其系统，该方法包括：获取双轴燃气-蒸汽联合循环机组的实发功率值和目标负荷值；根据所述实发功率值与目标负荷值的偏差，控制燃气轮机的负荷，使实发功率值与所述目标负荷值一致。本发明填补了国内双轴燃气—蒸汽联合循环机组控制技术的空白，对于多轴燃气—蒸汽联合循环机组的协调控制系统设计也具有很好的借鉴价值。并且，本发明提出的燃气—蒸汽联合循环机组的控制策略，针对燃气轮机、余热锅炉、汽轮机等控制特点，实现了联合循环机组的整体控制功能要求，确保整套联合循环机组的快速升降负荷的需要，并满足电网调度部门的要求。控制策略逻辑清晰，可控性强，具有较强的通用性和实用性。