本发明一种高纯度灯盏花素乙素的制备方法，解决已有制备方法污染高，收率低，成本高的问题。包括如下步骤：(1)溶解：取市售灯盏花素，灯盏花素乙素含量重百分比85％，用其重量5-10倍的PH7-9的碱水溶解，过滤。(2)分离：滤液用层析材料柱层析，上样量为1∶1～3，用水淋洗，淋洗水为8-10倍柱体积，分部收集，合并纯度大于重量百分比98％的洗脱液，调酸PH2析出，静置、滤取沉、淀用去离子水洗涤沉淀至中性，干燥，即得高纯度灯盏花素乙素。