本发明提供一种以阿扎霉素F3、阿扎霉素F4和尼菲霉素组合物为有效成分的农用杀菌剂WYLZ-1349及其制备方法和应用。该杀菌剂的制备方法包括先培养保藏编号为CGMCCNo.1680的马来西亚链霉菌(Streptomyces malaysiensis)ECO00002，再分离提取发酵培养物，用丙酮或甲醇将菌丝体破壁后与发酵上清液合并，经大孔吸附树脂吸附分离，并用丙酮或甲醇洗脱，洗脱液浓缩或进一步纯化得WYLZ-1349或阿扎霉素F3、阿扎霉素F4和尼菲霉素，再添加载体或助剂后得成品。试验结果表明，该杀菌剂特别对防治水稻稻瘟病、烟草赤星病、番茄灰霉病和辣椒炭疽病有良好的效果。与现有药剂相比，具有用量少、农民使用成本低、使用范围广等优点。