本发明是有关于一种检测探针、通用寡核苷酸芯片及核酸检测方法及其用途。通过设计线性检测探针对P1和P2实现对核酸样本上待测碱基或突变位点的高通量检测。将检测探针与核酸样本退火杂交，之后将其均分成四个反应体系，在每个体系中分别加入A，T，G，C，在DNA聚合酶和连接酶的作用下，将相应的检测探针对P1和P2连接成为一条探针，将此探针进行纯化和扩增后，与通用寡核苷酸微阵列上的对应区域进行杂交，最后对杂交结果进行检测和分析，确定核酸样本上待测位点碱基类型或突变位点基因型。本发明可应用于对目标核酸序列进行重测序分析、对已知核酸序列中的突变位点，插入/缺失位点进行检测分析及病原微生物的分型检测领域，具有低成本、高特异性、高灵敏度的效果。