本发明提供了一种分离罗替戈汀、苯海索对映异构体的方法。首先，将磺化葡聚糖溶解于缓冲溶液，得到含有手性选择剂磺化葡聚糖的运行缓冲液，将要分离的罗替戈汀、苯海索溶于运行缓冲液作为待分离的样品，通过毛细管电泳仪实现两种药物对映异构体的分离。本发明的特征是所选用的手性选择剂为分子量为50万或100万的磺化葡聚糖，该手性选择剂背景紫外吸收低，价廉易得。所采用的方法分离效率高，消耗试剂少，对环境友好，操作简便；在正向或反向电压模式下均可实现对映体的手性分离，且两种模式下对映体的迁移顺序相反。采用本方法对两种药物对映异构体的分离度较高。