本发明公开了一种时间调整方法、系统以及基站和终端。方法包括：接收终端发送的带有同步专用测距码的周期测距消息，并记录收到终端发送的带有同步专用测距码的周期测距消息的绝对时间，记录的绝对时间为T2；接收第一基站发送的绝对时间T1，绝对时间T1为第一基站记录收到带有同步专用测距码的周期测距消息的时间；根据绝对时间T1与绝对时间T2之间的差值：ΔT＝T1-T2，将自身的绝对时间T调整为：T’＝T+ΔT。本发明技术方案由于采用终端发送时钟同步周期测距码的测距消息，完成确定基站间相对时差的方法，通过参考基站发送参考时间，非参考基站根据参考时间进行自身时间的修正，以低廉的成本达到符合WiMAX同步要求的时钟同步。